在樱花产业发展高歌猛进的同时，工程苗需求量急剧增长和大规格品种苗稀缺的矛盾日趋突出，优新品种的大规格、高品质苗木供不应求。
据四川省成都市温江区大水牛园艺场董事长陈昌志介绍，我国自上世纪七八十年代前后从日本等国大量引进樱花园艺品种，达100余个。经过30多年的发展，仅有“关山樱”“染井吉野”“红花高盆樱”和“阳光樱”等几个品种数量发展起来。而像“椿寒樱”“八重红枝垂”“河津樱”“高盆樱”“修缮寺寒樱”“大寒樱”“御车返”“衣通姬”“雪喷泉”等大批新优品种都缺乏大规格苗。
在陈昌志看来，樱花野生资源丰富、适应性强，中国西南部高山地区更是樱属植物的现代分布中心，但樱花的开发利用还处于萌芽阶段。除了“钟花樱”等个别种质资源有规模化繁育外，“迎春樱”“尾叶樱”“野生早樱”“华中樱”等许多应用价值极高的品种资源尚未得到有效开发。
野生资源开发是种子种苗工程、战略储备物资，开发野生樱花资源是樱花产业发展的百年大计。各地若能挖掘当地优势资源，选育有竞争力的优良种质，将极大地推动樱花苗木的供给侧改革和樱花产业的健康可持续发展，并形成中国樱花特色。“引进的园艺品种虽能短期促进我国樱花产业发展，也能为企业带来暂时的经济效益，但其后劲不足，发展的关键在于挖掘本地区的樱花资源。”陈昌志说。
此外，景观应用简单，文化挖掘不足也是目前樱花产业面临的一大问题。在日本，樱花已根植于日本民族的血液，朗诵的诗歌里、哼唱的小曲里、描绘的美图里、把玩的饰品里、流行的动漫世界里，樱花无处不在，是日本民众生活和艺术鉴赏中不可或缺的部分。
而在我国，樱属植物仅局限于食用价值，观赏价值在其次。虽然也能在诗词歌赋等社会文化现象中找到樱花的影子，但总体感觉还是人文价值重视严重不足，未能形成健全的樱花文化结构。“虽然我国各地樱花园林建设方兴未艾，但是片面强调景观效果，甚至只是苗木或品种的堆砌，忽视樱花文化的挖掘应用，景观单调、雷同，缺乏特色和深度。”陈昌志说。
对此，陈昌志认为我国樱花产业的健康持续发展，首先要发掘推广优秀的野生资源品种，从花期、花色和花量等方面让樱花变得更优秀。其次在种植上要注意品种的充实和形态上的多元化（高中低分枝和垂枝），让樱花更加多姿多彩。此外，还要努力发掘和完善樱花的文化，增强樱花历史的厚重感和当前的时尚性。在应用上，也要注意小品与大景并进，大而全与单品并进。
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