日本樱花的历史分上古、中古、近古、近世4个时代。

上古时代在奈良时代（公元710—794年）以前，该时代以野生樱花为观赏对象，史料不明。

中古在平安时代（公元794—1192年）至江户时代（公元1603—1867年）之前的安土桃山时代（公元约1573—1603年）700年间。为野生樱花移入都市作为观赏的时代。文献可见的以京都为中心的都市周边种植记载。1195年，兴福寺有八重樱满开的纪录，表明有重瓣樱花品种存在。

近古的江户时代（公元1603—1867年）300年间，京都地区中古引种的品种。在神社、寺院内为中心栽培，元禄（1688—1703年）的樱花达数十个品种。一方面，江户时代的发展，京都收集包含了全国各地的品种。大名（封建领主、诸侯）的庄园种植了多数的樱花品种。一般平民少见樱花。

江户时代后期新品种急剧增加。1711—16年间，松冈恕庵所著《怡颜斋樱品》记载了69个品种，白河乐翁（松平定信1789—1800年）在《浴恩园樱谱》中记载樱花142种。1804—18年间，市桥星峰所著《花谱》记载了樱花234种，1830—1844年间，久保樱岭的樱园收集约136个品种。1861—64年间，堀良山在《叒（同“若”）谱》中记载了约250种樱花。江户时代末期至少250个品种存在。最盛的文化（1804—18年间）文政（1804—1829年）至天宝年间（1830—44年）。江户后期的宽政（1879—1800）以后，是樱花栽培品种多数积累的时代。

近世为明治（1868—1912年）以后的时代，明治维新的樱花品种急剧减少，众多樱花品种绝灭。该时代樱花开始科学研究，第2次世界大战结束后，新品种出现，江户时代的品种明治以后开始进行更多研究。更近的年代，浅利政俊、角田春彦以及其他人的人工杂交育出的品种出现。