关于植物起源的问题，在推断植物起源进化历史时，古植物化石资料是查明其发源地的重要证据。根据化石的记载，第三纪始新世后期（距今3650万年前）陆续有李属化石发现。蔷薇科植物的花粉在渐新世以后各地均有发现。在秦岭以及云南西部都曾发现李属植物的化石。始新世中、晚期，在陕西渭南、蓝田，河南南部发现蔷薇、绣线菊、山楂。晚上新世（距今530万年～180万年；上新世晚期（杰拉阶）（258.8万年～180.6万年））云南西部羊邑地区和龙陵地区孢粉组合中，均有蔷薇科植物的花粉类型，羊邑地区有山樱桃等落叶树种。第四纪更新世中期（约260万年～1万年；中更新世距今100万～10万年），日本枥木县那须盐原市发现该时期的山樱（Cerasus jamasakura）的叶化石。

    蔷薇科植物的进化顺序观点不一，被更广泛接受的是绣线菊亚科，蔷薇亚科，梨亚科，梅（李）亚科的进化顺序。樱属处于梅（李）亚科比较进化的属，应该处于蔷薇科进化相对比较高级的地位。

    樱属植物的进化演化方向主要为，花序从复杂趋于简单，并向单花演化，与之相反，花的直径有小向大演化。花序从总状花序向伞房或伞形花序演化，其中间有一朵花离生的不规则伞房或伞形花序为过渡类型，苞片的演化方向是有大型绿色叶状苞片向小型膜质鳞片状演化，由排列疏松向排列紧密演化。总状系被认为处在樱属植物比较原始的类群，腋芽三芽并生的矮生樱亚属是该属最进化的类群。

    现在我们很难确定樱花的原始发生地。经研究，北起四川丹巴古称川滇古陆的地方，自古生代晚泥盆纪至中生代海侵发生期间也未被淹没过，不但植物种类资源丰富，而且其中还有多种带有原始性状的种。具备起源地的条件。云南是蔷薇科植物的一个现代分布中心和分化中心之一。从樱属植物的现代分布格局看，我国的西部、西南部集中分布了樱属的主要种类。云南、四川、境内或其交接的西藏地区，普遍存在25个种以上，西南部特有种10种之多，古老的中国西部及西南部高山地区为本属的分布中心、原始种保存中心及特有中心。樱属植物在中国西南集中分布，同时这些地方还有大量的第三纪物种孑遗。具备樱属的起源地条件，同时，现在利用植物分子亲缘地理学的分析研究表明，该地区也为起源中心，与现存的樱属特有种分布中心、属的分布中心、原始种保存中心的观点相符。

    从古代地质化石考古，原始种、特有种的现代分布情况，植物分子亲缘地理学研究，现在学者普遍的观点是中国的云南、四川、西藏交界的山地是樱属植物的起源中心。

    樱属植物在该起源中心发生后并进行了分化，经过长期的不断变迁、演化，向各地扩散、迁移、最终形成了现在的分布格局。